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Die Hybridzüchtung ist eine Weiterentwicklung der Kombinationszüchtung. Ausgehend von zwei Inzuchtlinien, die selbst meist weniger ertragreich sind, entsteht bei ihrer Kreuzung Saatgut, aus dem sich hochertragreiche Pflanzen entwickeln können. In der Vererbungslehre wird diese Auswirkung Heterosiseffekt genannt. Zum Beispiel werden fremdbefruchtende Arten wie Möhren, Lauch oder Kohl durch erzwungene Selbstbefruchtung reinerbig gemacht. Und obwohl diese reinerbigen „Elternlinien“ während des Inzuchtprozesses zunehmend degenerieren können, entstehen bei einer Kreuzung in der nachfolgenden Pflanzengeneration – „F1“ genannt – groß gewachsene, widerstandsfähige Nachkommen. Dieser so genannte „Heterosiseffekt“ hat jedoch keinen Bestand – schon in der nächsten Generation spalten sich die äußerlich einheitlichen Kulturen wieder in eine Vielzahl unterschiedlicher Pflanzen-formen auf. Sie sind für Erwerbsgärtner und Landwirte in den meisten Fällen wertlos – das Saatgut ist nicht samenfest. Das bedeutet, dass aus der F1-Generation meistens kein Saatgut für die nachfolgende Kultur gewonnen werden kann, sondern zu diesem Zweck wieder auf die beiden Inzucht-Elternlinien zurückgegriffen werden muss. Der Nachbau, und damit die Entwicklung von eigenen Sorten, ist mit modernen Hybriden, deren Elternlinien in den Labors großer Saatgutkonzerne unter Verschluss gehalten werden, stark eingeschränkt und meist nicht möglich, was einem „eingebauten“ Sortenschutz gleichkommt.
Auch im Bio-Anbau werden Hybridzüchtungen verwendet. Seit längerem wird der Einsatz im Bio-Anbau kontrovers diskutiert.
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